Virus monkeypox, Réservoir, Modelisation de niches écologiques, Phylogéographie, Coévolution, Funisciurus anerythrus

Le virus monkeypox (MPXV) a été décrit en 1958 chez des macaques de laboratoire originaires d'Asie, mais les foyers épidémiques ont tous émergés dans les forêts d'Afrique de l'Ouest et d'Afrique centrale. Depuis sa découverte, le virus a d'ailleurs été détecté chez un grand nombre de mammifères africains (14 genres et au moins 32 espèces selon nos estimations) sans qu'il ne soit possible d'élucider leur rôle comme hôte réservoir ou hôte secondaire. Lors de notre étude, nous avons cherché à identifier la ou les espèces animales servant d'hôte réservoir au MPXV afin de mieux comprendre l'évolution spatio-temporelle du MPXV en Afrique subsaharienne et les conditions environnementales favorisant l'émergence des épidémies. Pour cela, nous avons tout d'abord reconstruit la niche écologique du MPXV à l'aide des données d'occurrence disponibles sur les hôtes mammifères et les cas index humains. Comme attendu, cette niche recouvre les forêts de Haute et Basse Guinée et celles du bassin du Congo. Ensuite, cette niche a été comparée à celles reconstruites pour 99 mammifères candidats vivants dans ces forêts. Les résultats révèlent que les écureuils de l'espèce Funisciurus anerythrus sont le réservoir le plus probable du MPXV. Pour tester l'hypothèse de coévolution entre le virus et son hôte, nous avons initié une étude phylogéographique sur F. anerythrus en séquençant les génomes de 31 écureuils africains dont 21 représentants du genre Funisciurus. Les analyses mitochondriales et nucléaires montrent l'existence de quatre lignées géographiques chez F. anerythrus, correspondant au bloc forestier de Haute Guinée, aux forêts reliques du Dahomey gap, au bloc forestier de Basse Guinée et au bassin du Congo. Cette structuration étant très cohérente avec celle publiée pour le MPXV, elle confirme le rôle primordial de F. anerythrus et suggère que l'évolution du virus a été fortement contrainte par les barrières biogéographiques freinant ou stoppant la dispersion des écureuils arboricoles.