Maladies infectieuses, Lèpre, Microbiome orale, ADN ancien, Archéologie, Amériques

Ma thèse vise à aborder des questions importantes concernant l'émergence des maladies infectieuses dans les populations humaines et les transformations survenues pendant la transition agricole chez les populations sud-américaines précoloniales. Les récents progrès des techniques d'ADN ancien (aDNA) offrent une opportunité unique d'explorer les génomes des agents pathogènes qui circulaient autrefois dans les populations humaines, fournissant des informations précieuses sur leurs histoires épidémiologiques, évolutives et de propagation. En utilisant l'aDNA, j'enquête sur les agents pathogènes qui prévalaient dans les Amériques avant le contact européen, une période pour laquelle nos connaissances sont limitées. Une contribution significative de ma recherche est la découverte d'un agent pathogène producteur de lèpre appelé M. lepromatosis qui infectait les Amérindiens avant le contact avec les Européens. Cette découverte fournit une preuve directe des maladies infectieuses dans les Amériques à l'époque précoloniale. Nos investigations révèlent que cet agent pathogène était largement répandu à travers le continent, puisque nous avons détecté sa présence en Amérique du Nord et en Amérique du Sud. Pour explorer davantage son histoire évolutive, je réalise des analyses d'horloge moléculaire sur des souches modernes et anciennes de M. lepromatosis, qui jusqu'à présent soutiennent l'existence d'un ancêtre commun à toutes les souches connues après l'arrivée des humains en Amérique. De plus, j'ai adopté une approche interdisciplinaire qui intègre l'aDNA, la métagénomique et de données isotopiques archéologiques pour analyser un ensemble substantiel de microbiomes oraux anciens (>200 échantillons). Ces échantillons proviennent de dents archéologiques et de tartre d'ancêtres précoloniaux en Amérique du Sud. À travers cette analyse complète, je vise à évaluer les changements dans la composition microbienne et la prévalence des agents pathogènes oraux opportunistes dans les populations agricoles. Les analyses ont révélé des variations dans les microbiomes oraux des peuples autochtones du Cône Sud qui peuvent être liées à des différences dans les économies de subsistance et également aux périodes historiques. Ces résultats éclairent les effets des pratiques culturelles et des événements historiques sur la composition microbienne et la santé humaine.