Etude différentielle des protéines membranaires exprimées à la surface de l'hématie infectée par Plasmodium falciparum, en fonction de la symptomatologie
Differential protein expression profiles from Plasmodium falciparum isolates according to clinical forms malaria
par Bertin Gwladys sous la direction de Deloron Philippe
Thèse de doctorat en Biochimie et biologie moléculaire
École doctorale Médicament, Toxicologie, Chimie, Environnement

Soutenue le Monday 24 June 2013 à Université Paris Descartes ( Paris 5 )

Sujets
  • Paludisme
  • Plasmodium falciparum
  • Spectroscopie de masse

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Mots clés
Spectrométrie de masse, RT- qPCR, Paludisme, PfEMP-1, Analyse de clustering, Protéine membranaire
Resumé
La virulence de Plasmodium falciparum est fonction de sa capacité à séquestrer les érythrocytes infectés (iEs) dans les organes profonds de l'hôte. Elle est liée à la mise en place d'un trafic protéique conséquent au niveau membranaire et sub-membranaire de l'iE. Cet adressage protéique aboutit à l'expression d'antigènes variant de surface, dont P. falciparum Erythrocyte Membrane Protein-1, PfEMP-1. Cet adhésine présente une affinité pour divers récepteurs de l'hôte impliqués dans la physiopathologie des formes graves, telles que le paludisme associé à la grossesse (PAM) et le paludisme cérébral (CM). La diversité de liaison de PfEMP-1 est associée à la variabilité de séquence de son domaine extracellulaire. Ce domaine est constitué d'une succession de domaines DBL et CIDR en nombre variable. PfEMP-1 est codée par les gènes var classifiés en groupes Ups A, B, C, E et B/A, B/C. Des régions de PfEMP-1 constituées d'une succession établie de 2 à 4 domaines, nommées Domain Cassette, « DC » sont retrouvées dans différents isolats. L'obtention de données exhaustives par LC-MS/MS a permis d'établir un comparatif du protéome membranaire et hypothétique à partir des échantillons PAM et CM en comparaison à des accès simples de paludisme (UM). L'identification protéique des PfEMP-1 a montré la singularité de l'expression d'une PfEMP-1 particulière, VAR2CSA chez les PAM. Ces résultats corroborent les analyses des transcrits du gène var2csa comme surexprimé chez les PAM, transcrit qu'on retrouve également dans les infections de début et de fin de grossesse. Les PfEMP-1 identifiés au sein des CM étaient significativement associés aux groupes Ups A et B/A et la plupart des peptides identifiés étaient associés à la cassette DC8 dont le transcrit était également surexprimé. L'analyse de filter-based feature selection a permis d'identifier un sous ensemble de 13 et 14 protéines assignées comme protéines membranaires ou hypothétiques, prédictives des formes de paludisme PAM et CM, respectivement. Parmi ces protéines surexprimées chez les PAM, la présence de VAR2CSA valide l'approche d'analyse. PFI1785w a été identifiée et associée au PAM, quatre autres protéines apparaissent prédictives de cette forme clinique PFB0115w, PFF0325c, PFA_0410w et PF14_0018. Pour les CM, on distingue les protéines PfEMP-2 et antigen-332 comme spécifiques de cette forme clinique. Les autres protéines qui émergent de ce groupe sont des protéines de fonction inconnue, dont trois sont assignées comme des protéines exportées. L'obtention et l'analyse en LC-MS/MS d'extraits protéiques issus d'isolats de terrain font l'originalité de ce travail et permettent la corrélation entre les données cliniques et biologiques. Cette étude confirme les données de transcrits sur la famille des gènes var et suggère de nouvelles intéractions protéiques dans le cadre du paludisme associé à la grossesse et cérébral.