Development of new engineering methodologies for cell sequencing landscape : unbiased mRNA sampling of living cells by TRanscriptomic Analysis Captured in Extracellular vesicles (TRACE)
Développement de nouvelles méthodes dans le domaine du séquençage cellulaire
par Francois CHERBONNEAU sous la direction de Jérôme LARGHERO et de Ibrahim DOMIAN
Thèse de doctorat en Médecine. Biothérapies et biotechnologies
ED 561 Hématologie, oncogenèse et biothérapies

Soutenue le mercredi 10 février 2021 à Université de Paris (2019-....)

Sujets
  • Séquençage du génome entier
  • Transcriptome
  • Transcriptome
  • Vésicules extracellulaires
  • Vésicules extracellulaires
Le texte intégral n’est pas librement disponible sur le web
Vous pouvez accéder au texte intégral de la thèse en vous authentifiant à l’aide des identifiants ENT de l’Université, au sein de l’établissement en utilisant un compte ou en demandant un accès extérieur si vous pouvez justifier de votre appartenance à un établissement chargé d’une mission d’enseignement supérieur ou de recherche

Se connecter ou demander un accès au texte intégral

Les thèses de doctorat soutenues à Université de Paris sont déposées au format électronique

Consultation de la thèse sur d’autres sites :

TEL (Version partielle de la thèse pour sa diffusion sur Internet (pdf))

Description en anglais
Description en français
Mots clés
Technologie de séquençage
Resumé
L'Hétérogénéité cellulaire et les expressions génétiques fluctuantes dans un microenvironnement spécifique restent mal comprises. Ainsi, afin d'apporter un début de réponse à toutes ces questions, beaucoup de paradigmes scientifiques ont été développés, permettant de toujours repousser plus loin les limites du possible. Ainsi, l'objectif de ce premier projet de thèse fut de développer une méthode innovante pour l'analyse épigénétique multiplexée de cellules à une résolution cellulaire unique. En reliant la protéine transposon Tn5 à des anticorps ciblant des facteurs épigénétiques clés, il pourrait être possible d'identifier le site de liaison de facteurs de transcription spécifiques à l'échelle du génome. Néanmoins, en raison de la relative concurrence dans le développement d'une nouvelle technologie dans ce domaine, cet outil très prometteur fut breveté par une autre entreprise et ce projet de thèse a donc été interrompu au profit d'un autre projet dans cette même thématique. Ainsi, beaucoup de progrès importants en biologie sont fortement corrélés avec de nouvelles méthodologies toujours plus innovantes et qui permettent de définir le destin cellulaire au niveau moléculaire. Mais une grande majorité d'entre elles nécessite l'utilisation de procédures destructrices. Pour ces raisons, nous avons développé une nouvelle technologie permettant une analyse transcriptomique dans le temps sans aucune destruction cellulaire. Nommée TRACE pour l'analyse «TRanslatomique» par capture dans des vésicules extracellulaires, elle est caractérisée par l'expression d'un transgène fournissant une translation d'une partie représentative du transcriptome cellulaire à l'intérieur des vésicules extracellulaires. Ainsi, ce «translatome» des cellules qui expriment TRACE peut être suivi dans le temps de manière non destructrice in vitro et in vivo, ce qui est un outil puissant pour de nombreux domaines de recherches fondamentale et translationnelle