Génomique intégrée des tumeurs bénignes corticosurrénaliennes
Integrated genomics of benign adrenocortical tumors
par Faillot Simon sous la direction de Assié Guillaume
Thèse de doctorat en Génétique
École doctorale Bio Sorbonne Paris Cité

Soutenue le Tuesday 28 November 2017 à Sorbonne Paris Cité

Sujets
  • Aspect génétique
  • Corticosurrénalome
  • Stéroïdogenèse

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Mots clés
Surrénales, Tumeurs surrénaliennes, Stéroïdogenèse, Génomique
Resumé
Le cortex surrénalien produit des hormones stéroïdes, principalement le cortisol, l'aldostérone et des androgènes. Le cortex surrénalien peut être le siège de tumeurs -adénomes ou cancers-, hyperplasies et dysplasies. Ces lésions sont dans leur grande majorité bénignes. Elles peuvent être associés à une hypersécrétion d'hormone stéroïde, le plus souvent de cortisol (syndrome de Cushing) ou d'aldostérone. Il existe aussi des tumeurs non sécrétantes. Si des classifications moléculaires ont été établies pour les carcinomes, à ce jour il n'existe pas de classification pangénomique des tumeurs bénignes corticosurrénaliennes, qui pourrait renseigner sur les mécanismes de sécrétion autonome et de prolifération de ces lésions. Enfin le déterminisme génétique des dysplasies et hyperplasies n'est que partiellement connu. Au cours de ma thèse, j'ai pu analyser un jeu de données « omics » complet des lésions bénignes corticosurrénaliennes pour plus d'une centaine d'échantillons, incluant du séquençage haut-débit (exome/ciblé pour les mutations, RNA-seq pour l'analyse des microARNs), des puces transcriptome et méthylome, et des puces SNP pour la recherche d'altérations chromosomiques. J'ai pu identifier une classification moléculaire pangénomique relativement convergente entre les différentes « omics », qui concorde avec les types tumoraux et sécrétoires, mais identifie également des sous-groupes nouveaux au sein de ces lésions. Il ressort notamment que les mutations dans ces lésions sont des déterminants essentiels de la classification moléculaire. Ainsi sont regroupées les lésions selon la voie de signalisation ou le gène altéré, notamment la voie PKA/AMPc pour les lésions produisant du cortisol, la voie Wnt/beta-caténine pour les adénomes ne sécrétant pas ou peu de cortisol, et ARMC5 pour un sous-groupe d'hyperplasies macronodulaires. Ces groupes très distincts contiennent également des lésions sans mutation identifiée, avec vraisemblablement des mécanismes alternatifs d'altération de ces voies de signalisation. Dans le groupe des hyperplasies macronodulaires mutées ARMC5, la comparaison avec l'ensemble des autres lésions bénignes fait ressortir une signature d'expression ovarienne forte, marquée par l'expression de FOXL2 et de ses cibles CYP19A1 et PTHLH. Cette marque de différentiation spécifiquement gonadique au sein de la surrénale fait discuter une anomalie de développement. Cette analyse génomique intégrée identifie également des altérations épigénétiques de la stéroïdogenèse. Notamment les tumeurs sécrétant beaucoup de cortisol sont globalement hyperméthylées dans leurs îlots CpG. Par ailleurs l'hyperméthylation de CYP21A2 est vraisemblablement un mécanisme de déficits en 21-hydroxylase intratumoral. Des signatures de miRNA semblent également avoir un impact sur la stéroïdogenèse. Au cours de ma thèse j'ai également analysé l'exome des hyperplasies macronodulaires non mutées ARMC5. Je n'ai pas identifié de nouvelle mutation somatique récurrente. Au niveau de l'exome germinal, j'ai identifié plusieurs gènes candidats récurrents, qui ouvrent la voie à des analyses génétiques (extension de cohorte) et de biologie cellulaire complémentaires. Ce travail est la première caractérisation génomique d'envergure des lésions bénignes de la corticosurrénale. Même si tous les mécanismes ne sont pas élucidés dans le détail, ces données représentent une ressource importante pour orienter les recherches à venir dans la tumorigenèse surrénalienne bénigne et la stéroïdogenèse.