Caractérisation de déficits immunitaires humains associés à des anomalies génétiques de la voie PI3K
Characterization of human immunodeficiencies associated with genetic dysregulation of PI3K
par Rodriguez Rémy sous la direction de Latour Sylvain
Thèse de doctorat en Immunologie
École doctorale Bio Sorbonne Paris Cité

Soutenue le Wednesday 23 November 2016 à Sorbonne Paris Cité

Sujets
  • Mutation (biologie)
  • Syndromes de déficit immunitaire

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Mots clés
Immunodéficience primaire humaine, PI3 Kinase, Signalisation, Lymphocyte T
Resumé
La sous-unité catalytique p110 de la phosphatidylinositol-4,5-biphosphate 3-kinase (PI3K) est exprimée spécifiquement dans les leucocytes, et possède un rôle central dans la biologie des lymphocytes. Des mutations germinales dominantes gain-de-fonction de PI3KCD (codant p110 ) ont été identifiées récemment chez des patients présentant une immunodéficience combinée caractérisée par une présentation clinique hétérogène incluant des infections récurrentes des voies respiratoires et des lymphoproliférations associées à une virémie EBV et/ou CMV élevée, connue sous le nom de syndromes APDS. L'hétérogénéité des présentations cliniques suggère l'existence de facteurs secondaires, génétiques ou environnementaux. Au cours de ma thèse de doctorat, j'ai rapporté le cas de deux nouveaux patients présentant des anomalies génétiques affectant la voie PI3K. Le premier patient, né dans une famille consanguine, présentait une mutation gain- de-fonction de PIK3CD déjà décrite. Par séquençage de l'exome du patient, nous avons identifié une seconde mutation homozygote non-sens de SEC14L2, un régulateur connu de la voie PI3K. Nous avons analysé le phénotype et la fonctionnalité des lymphocytes du patient, et avons mis en évidence in vitro certains mécanismes de régulation de l'activation lymphocytaire par SEC14L2. Enfin, nous avons réalisé une étude de transcriptome afin d'identifier les voies de régulation dérégulées chez notre patient. Dans l'ensemble, ces résultats ont permis d'identifier le premier co-facteur génétique associé au syndrome APDS. Le second patient est également né dans une famille consanguine et présentait des infections sévères des voies respiratoires et un syndrome d'infection chronique à l'EBV (CAEBV) fatal. Par séquençage de l'exome du patient, nous avons identifié une mutation homozygote rare dans PIK3CD. Une modélisation de la structure de la protéine a montré que l'acide aminé muté se situe dans le domaine catalytique de p110 , dans une boucle phylogénétiquement conservée interagissant avec la sous-unité régulatrice p85¿ de la PI3K, et que la mutation conduisait à la perte de cette interaction. In vitro, la mutation de p110 cause la perte de l'activité PI3K, et les lymphocytes T du patient présentaient une diminution de phosphorylation d'AKT et de p70 S6K, deux cibles de la PI3K. Les lymphocytes T du patient présentaient également une production diminuée d'IFN- et de TNF¿, et un excès de prolifération et de flux calcium suite à la stimulation du TCR. Des lignées cellulaires Jurkat déficientes pour PIK3CD générées par CRISPR/Cas9 ont également présenté un défaut de phosphorylation d'ATK et un excès de prolifération et de flux calcium. L'expression de la version sauvage de p110 dans ces cellules, mais pas de la version mutée, a permis une restauration des réponses normales, prouvant l'implication de la mutation dans les phénotypes cellulaires identifiés. De manière intéressante, nous avons mis en évidence l'existence d'un équilibre entre l'activité PI3K et PLC- 1 lors de l'activation T, qui pourrait être expliqué par une compétition pour l'accès à leur substrat commun, le PIP2. Enfin, nous avons identifié chez notre patient une seconde mutation homozygote délétère dans le gène TNFRSF9. Cette mutation est également retrouvée chez la sœur saine du patient, qui présentait une réplication persistante de l'EBV dans le sang, suggérant que cette mutation pourrait agir comme facteur génétique secondaire. Dans l'ensemble, cette étude à permis l'identification de la première immunodéficience associée à des mutations perte-de-fonction de PIK3CD.