Mise au point d'une méthode de mesure d'interaction ligand-ARN par électrochimie
Development of an electrochemical method for the detection of RNA/ligands interactions
par Guyon Hélène sous la direction de Micouin Laurent et de Limoges Benoît
Thèse de doctorat en Chimie
École doctorale Médicament, Toxicologie, Chimie, Imageries

Soutenue le Monday 24 October 2016 à Sorbonne Paris Cité

Sujets
  • Aminosides
  • Criblage pharmacologique
  • Interactions ARN-ligand
  • Reconnaissance moléculaire
  • Électrochimie

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Mots clés
Aminoglycosides, ARN, Ligands, Reconnaissance moleculaire, Électrochimie, Criblage
Resumé
Etant donné leur implication dans de nombreux processus biochimiques, les ARN sont maintenant considérés comme des cibles thérapeutiques très prometteuses. Cependant, nos connaissances limitées concernant les phénomènes d'interaction entre les ARN et de petites molécules, compliquent l'élaboration de nouveaux ligands (ou médicaments), capables de reconnaître sélectivement une structure complexe d'ARN. En absence de toute approche rationnelle, une stratégie de criblage pourrait permettre de mieux comprendre ces phénomènes de reconnaissance. Cette thèse porte sur la mise au point d'une méthode électrochimique, simple, adaptée pour du criblage haut-débit et permettant de détecter et de quantifier les interactions ARN/ligands. Le principe de la méthode repose sur la différence de coefficient de diffusion qui existe entre la forme libre d'un ligand possédant des propriétés redox et sa forme complexée à l'ARN. Cette stratégie de détection par voie électrochimique présente comme avantages d'être peu coûteuse, rapide, simple d'utilisation, adaptée pour du criblage haut-débit de molécules et utilisable dans de faibles volumes. Cette méthodologie a été utilisée pour caractériser la formation d'un complexe entre un analogue d'aminoglycoside porteur d'un groupe ferocene et une séquence d'ARNr 16S23. De plus, des expériences de compétition entre le complexe ARN/ligand redox et des aminoglycosides non modifiées permettent d'étendre la méthode à la détermination de constantes de dissociation (KD) pour des molécules non marquées en phase homogène. Ces expériences de compétition pourront être généralisées pour mesurer le KD de librairies de molécules, permettant ainsi de trouver de meilleurs ligands d'ARN.