Escherichia coli, Adaptation, Mutateur, Phylogéographie, Porine OmpF, Transfusion, Concentrés plaquettaires par aphérèse, Virulence

Escherichia coli est la principale bactérie aéro-anaéro-facultative du tube digestif de l'Homme. Au sein de cet habitat primaire, elle réside à l'état de commensal, mais peut également devenir une bactérie pathogène. Cette pathogénicité s'exprime au niveau intestinal ou extra-intestinal (ExPEC). Sa grande plasticité génétique et phénotypique est la clé de son adaptation aux différents environnements qu'elle rencontre. Deux exemples faisant suite à des interventions humaines sont développés dans ce travail. Le premier est un exemple dans un contexte in vitro : la souche originale de E. coli isolée en 1885, conservée depuis le début du XXème siècle dans la collection nationale anglaise. En parallèle, des isolats de cette souche, conservés dans les collections française, américaine et allemande, ont été étudiés. Ces isolats présentaient un phénotype hypermutateur. L'analyse de leur variation allélique a permis de retracer leur histoire phylogéographique au cours du temps. L'étude d'une mutation adaptative, située dans le gène de la porine OmpF, a montré qu'elle entraînait une augmentation du diamètre du pore de constriction de son canal et permettait aux isolats de survivre aux conditions de conservation restrictives, par un apport augmenté en nutriments. Cette mutation rendait toutefois les isolats hypersensibles aux antibiotiques. Le second exemple de l'adaptation de E. coli est rapporté dans un contexte ex vivo : les infections bactériennes transmises par la transfusion (IBTT). Six épisodes d'IBTT à E. coli dus à des concentrés plaquettaires d'aphérèse (CPA) ont été étudiés. Toutes les souches avaient un profil d'ExPEC et de nombreux facteurs de virulence, notamment pour métaboliser le fer, composé très rare dans le milieu des CPA. Ce bagage génétique leur permettait de survivre à chaque étape de la transfusion : depuis le donneur jusqu'au receveur. La plasticité génétique de E. coli lui permet donc de s'adapter à des environnements très diversifiés, résultant d'interventions humaines variées.