Maladie rénale chronique, Maladie rénale diabétique, Données omiques, Stratification des patients, Médecine de précision, Transcriptomique, Métabolomique, Biologie computationnelle, Physiopathologie, Physiologie rénale

La maladie rénale chronique (MRC) est une maladie très hétérogène comprenant un large éventail d'étiologies avec une présentation clinique variable. La stadification classique de la MRC utilise des mesures systémiques indirectes, telles que l'estimation du taux de filtration glomérulaire et de l'albuminurie, et ne prend pas en compte les processus moléculaires sous-jacents dans le rein à l'origine de la maladie. De plus, les reins sont structurellement complexes, avec plus de 50 populations de cellules travaillant ensemble pour remplir leurs diverses fonctions. Ces facteurs rendent le traitement et le développement thérapeutique de la MRC difficiles. À l'aide de données omiques humaines et de méthodes avancées d'analyse de données, cette thèse de doctorat regroupe les patients en sous-types et caractérise les voies biologiques sous-jacentes pour faire progresser notre compréhension de la MRC. Ce projet comprend également des analyses exploratoires des données omiques de la MRC afin de générer des hypothèses testables afin d'approfondir notre compréhension de la maladie. Ces études visent à ouvrir de nouvelles opportunités pour la découverte de biomarqueurs et de médicaments menant à des traitements personnalisés. Cette thèse est composée des chapitres suivants : Chapitre 1 : "Signature transcriptomique rénale de la progression prospective rapide de la maladie rénale diabétique (DKD)" identifie une signature de 265 gènes à partir de l'analyse des transcriptomes de biopsie rénale des évolutions rapides de la DKD sur la base de données cliniques de cinq ans post-biopsie ; Chapitre 2 : "Les gènes « orphelins » du rein en tant que source potentiellement négligée de nouvelles connaissances sur la santé et les maladies rénales" explore les gènes codant pour les protéines non annotés et peu étudiés et leurs rôles possibles dans la physiologie rénale et la physiopathologie de la MRC ; Chapitre 3 : "Discordance de corrélation entre les protéines rénales et l'expression de l'ARNm dans l'Atlas des protéines humaines" attire l'attention sur la différence observée dans les niveaux d'abondance des protéines et de l'ARNm dans le rein et discute des raisons potentielles ; Chapitre 4 : "Caractérisation métabolomique urinaire des classes moléculaires de la maladie rénale chronique" détermine si le métabolome urinaire peut différencier les sous-groupes de MRC les uns des autres ; Chapitre 5 : "Caractérisation de la signature médicamenteuse des classes moléculaires de la maladie rénale chronique" explore la manière dont les différents sous-groupes de la MRC réagissent aux médicaments ; Chapitre 6 : "L'analyse pseudo-temporelle de la trajectoire révèle des marqueurs cellulaires intermédiaires de l'atrophie tubulaire rénale" examine les cellules tubulaires saines et atrophiées pour suivre les marqueurs intermédiaires potentiels de la maladie ; et enfin, Annexe 1 : « Spectre phénotypique de la composition de l'haplotype FAM47E-SHROOM3 dans un échantillon de population générale » identifie et caractérise les différents haplotypes du locus FAM47E-SHROOM3 et son effet probable sur la fonction rénale (co-auteur).