Mapping the genetic landscape of HNF1B-dependent cell growth
Cartographie du paysage génétique de la croissance cellulaire dépendante d'HNF1B
par Deborah GAGLIOTI sous la direction de Marco PONTOGLIO
Thèse de doctorat en Génétique
ED 562 Bio Sorbonne Paris Cité

Soutenue le jeudi 28 novembre 2024 à Université Paris Cité

Sujets
  • CRISPR (génétique)
  • Cycle cellulaire
  • Maladies rénales
Un embargo est demandé par le doctorant jusqu'au 28 novembre 2025
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Mots clés
HNF1B, Maladie rénale, Cycle cellulaire, Croissance cellulaire, CDKN1A, CRISPRi, Criblage à l'échelle du génome, CUL3
Resumé
Les mutations du gène HNF1B sont la cause monogénique la plus fréquente des maladies rénales développementales. La grande majorité des mutations du gène HNF1B sont connues pour être des mutations nulles, conduisant à un état d'haplo-insuffisance du gène HNF1B. Les mécanismes contrôlés par HNF1B dans des conditions physiologiques et pathologiques ne sont pas complètement clarifiés. Nos études récentes in vivo, sur un modèle de souris post-natal de la maladie HNF1B, et in vitro, sur une lignée cellulaire de cancer du rein (786-O), indiquent un rôle de HNF1B dans le contrôle du cycle cellulaire et de la survie. Chez les souris adultes, par exemple, l'inactivation de HNF1B entraîne une atrophie des cellules tubulaires rénales et la mort cellulaire. Dans une lignée cellulaire 786-O, la perte de HNF1B entraîne un défaut du cycle cellulaire et une compromission importante de la croissance. L'objectif de cette étude est d'identifier le circuit génétique qui rend les cellules dépendantes de l'expression continue de HNF1B pour leur croissance et leur survie. À cette fin, j'ai réalisé un criblage CRISPRi à l'échelle du génome basé sur la prolifération et la survie des cellules 786-O où l'expression de HNF1B a été inactivée. Cette approche m'a permis d'identifier un ensemble de gènes et de voies responsables du défaut de croissance induit par le silencing de HNF1B. En particulier, mes résultats indiquent que l'inactivation des gènes TP53 et CDKN1A est capable de corriger le défaut de croissance des cellules dépourvues de HNF1B. Ce résultat corrèle avec l'activation de la voie p53/p21 lors de l'extinction du gène HNF1B. En outre, j'ai démontré un rôle inattendu du complexe ubiquitine ligase CUL3 dans la promotion de l'activation de la voie p53/p21 en l'absence de HNF1B. Ces résultats permettent de mieux comprendre le programme génétique régulé par HNF1B dans les cellules épithéliales rénales.