Statistical genetic analysis of infectious disease (malaria) phenotypes from a longitudinal study in a population with significant familial relationships
Méthodes statistiques génétiques pour l'étude des phénotypes de maladies infectieuses (paludisme) à partir de données de suivi longitudinal obtenues dans des cohortes familiales
par Loucoubar Cheikh sous la direction de Bar-Hen Avner et de Diop Aliou
Thèse de doctorat en Statistique génétique
École doctorale Santé publique


Sujets
  • Méthode longitudinale
  • Méthodes statistiques
  • Paludisme
  • Phénotype

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Mots clés
Paludisme,Mesures répétées,Génétique,Héritabilité,Liens,Association
Resumé
Les études longitudinales sur une longue période permettent d'échantillonner plusieurs fois le phénomène étudié et ainsi, avec des mesures répétées, dégager une tendance confirmée. Mais, dès lors, elles produisent de très larges bases de données épidémiologiques accompagnées de plus de sources de bruit par rapport aux études à observation unique ; et souvent, contiennent de la corrélation dans les mesures. Ici, nous avons présenté à travers cette thèse une étude de long terme des facteurs épidémiologiques et génétiques du paludisme menée dans deux cohortes familiales du Sénégal, l'une dans le village de Dielmo suivi pendant 19 années consécutives (1990 - 2008) et l'autre dans le village de Ndiop suivi pendant 16 années consécutives (1993 - 2008). L'objectif de ce travail de thèse a été de développer des méthodes d'analyse statistique pour identifier des gênes de susceptibilité / résistance au paludisme prenant en compte les relations familiales, les mesures répétées et des potentielles interactions génotypes - environnement dans l'évaluation des phénotypes. Par la suite, de tels phénotypes corrigés des facteurs identifiés comme potentielles sources de confusion et/ou de bruit ont été alors utilisés pour les tests de liaison et d'association génétique. Le phénotype principal étudié chez chaque volontaire a été la survenue ou non d'accès palustre, attribué à une infection au parasite Plasmodium falciparum, durant chaque trimestre de présence (PFA). Les études ont été menées de manière indépendante dans chacun des deux villages, de même que les analyses descriptives, l'estimation de la contribution génétique humaine et des effets individuels. Les tests de liaison et d'association génétique ont été réalisés par des méthodes familiales basées sur l'analyse de la transmission d'allèles des parents aux enfants (Transmission Disequilibrium Test). Ces méthodes sont connues pour être robustes par rapport au problème de la stratification de population et donc nous permettent d'augmenter la taille de notre échantillon dans les études de liaison et d'association génétique en analysant les deux villages en même temps.