Optical 3D imaging of subcellular dynamics in biological cultures and tissues : applications to ophthalmology and neuroscience
Imagerie optique en 3 dimensions des dynamiques subcellulaires dans des cultures et tissus biologiques : applications à l'ophtalmologie et aux neurosciences
par Olivier THOUVENIN sous la direction de Mathias FINK et de Albert-Claude BOCCARA
Thèse de doctorat en Physique. Imagerie
ED 474 Frontières de l'Innovation en Recherche et Education

Soutenue le vendredi 07 juillet 2017 à Sorbonne Paris Cité

Sujets
  • Cellules -- Motilité
  • Fluorescence
  • Imagerie médicale
  • Interférométrie
  • Interférométrie
  • Mouvement cellulaire
  • Ophtalmologie
  • Tomographie en cohérence optique
  • Tomographie par cohérence optique

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Mots clés
Imagerie Biomédicale, Neurophotonique, Tomographie à cohérence optique plein champ, Imagerie de phase quantitative, Interférométrie, Fluorescence, Microscopie à illumination structurée, Motilité cellulaire, Ophtalmologie
Resumé
Cette thèse a pour objectif l'étude d'un lien effectif potentiel entre la motilité cellulaire, la mécanique cellulaire, et l'activité biochimique de ces mêmes cellules. Ce couplage a été étudié dans divers systèmes biologiques, et aussi bien dans des cultures de cellules qu'à l'intérieur de tissus plus complexes. Notamment, nous avons particulièrement cherché à détecter un couplage électromécanique dans des neurones qui pourrait être impliqué dans la propagation du message nerveux.Pour ce faire, nous avons dû développer deux microscopes optiques à la sensibilité extrême. Ces microscopes se composent de deux parties principales. La première sert à détecter des mouvements axiaux plus petits que la longueur d'onde optique, soit en dessous de 100 nanomètres. La deuxième partie permet la détection d'un signal de fluorescence, offrant la possibilité de suivre l'évolution biochimique de la cellule. Avec ces deux microscopes multimodaux, il est donc possible de suivre de manière simultanée un contraste de motilité, un contraste mécanique, un contraste structurel et un contraste biochimique. Si l'un de ces systèmes est basé sur la tomographie de cohérence optique plein champ et permet de faire de telles mesures en 3-D et en profondeur dans les tissus biologiques, le second ne permet que des mesures dans des cultures de cellules, mais est bien plus robuste au bruit mécanique. Dans ce manuscrit, nous allons essentiellement décrire le développement de ces deux appareils, et préciser les contrastes auxquels ils sont sensibles spécifiquement.Nous développerons également deux des applications principales de ces microscopes que nous avons étudié dans le détail au cours de cette thèse. La première application développe l'intérêt d'un de nos microscopes pour la détection sans marquage des principaux composants cellulaires et structuraux de la cornée et de la rétine. La seconde application tend à détecter et à suivre des ondes électromécaniques dans des neurones de mammifères