Réservoir viral latent

L'existence d'un réservoir viral latent insensible aux traitements, au sein des lymphocytes T CD4+ mémoires, constitue la principale barrière à une cure de l'infection par le VIH-1. Les génomes qui composent le réservoir sont essentiellement défectifs mais la persistance d'une fraction compétente pour la réplication est considérée être à l'origine du rebond viral en cas d'interruption des traitements. La diversité et les paramètres qui régissent le maintien de cette fraction du réservoir restent largement inexplorés bien qu'importants pour la conception de stratégies thérapeutiques visant son élimination. Au cours de cette thèse j'ai exploré la diversité des virus VIH-1 infectieux à partir du réservoir de patients sous traitement. Pour cela, j'ai procédé à l'isolation des virus compétents pour la réplication, issus de la réactivation des lymphocytes CD4+ quiescents qui constituent le réservoir de plusieurs patients. J'ai ensuite procédé au séquençage des génomes complets des virus isolés et j'ai testé leur infectivité à cycle unique. Mon travail révèle que la diversité du réservoir compétent dépend principalement de la durée avant le contrôle de la virémie. Un traitement retardé entraîne une plus grande diversité du réservoir. La durée de traitement efficace, par contre, ne corrèle pas avec la diversité du réservoir ce qui suggère que la complexité du réservoir compétent pour la réplication reflète celle qui existe au début du traitement. J'ai également pu observer la présence de virus identiques dans le réservoir de plusieurs patients. La proportion de virus identiques augmente avec la durée de traitement, ce qui suggère une expansion clonale progressive des cellules infectées pendant le traitement.