Apport de la génomique comparative dans l'étude des infections à mycobactéries
Using comparative genomics to better understand mycobacterial infections
par Emmanuel LECORCHE sous la direction de Emmanuelle CAMBAU
Thèse de doctorat en Sciences de la vie et de la santé. Microbiologie
ED 562 Bio Sorbonne Paris Cité

Soutenue le Monday 12 October 2020 à Université de Paris (2019-....)

Sujets
  • Génomique comparative
  • génétique
  • Infections à mycobactéries non tuberculeuses
  • microbiologie
  • Mycobacterium leprae
  • Mycobacterium marinum
  • Mycobactéries non tuberculeuses

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Mots clés
WGS, Mycobacterium chimaera
Resumé
Les infections à mycobactéries comprennent la tuberculose et la lèpre, encore endémiques dans de nombreux pays, et les infections dites à « mycobactéries non-tuberculeuses (MNT) » qui sont des infections respiratoires et extra-respiratoires, opportunistes ou iatrogènes. Nous avons réalisé une étude de génomique comparative des mycobactéries autres que celles de la tuberculose, qui elle, est mieux connue. Nous nous sommes intéressés aux aspects phylogénétiques et à l'évolution des génomes au cours de l'infection. La première partie est consacrée à Mycobacterium leprae avec l'étude des souches isolées à Madagascar. Nous avons montré qu'elles appartiennent à un génotype très particulier (nommé 1D-Malagasy), ce qui permet de discuter l'histoire « moléculaire » de la lèpre sur l'île. Nous avons aussi comparé les gènes codant les pompes d'efflux de M. leprae avec ceux bien décrits de M. tuberculosis, ce qui a permis de montrer les points de divergence de ces espèces pour ces gènes importants. Dans une seconde partie, nous avons exploré la génomique des MNT dans le cadre d'enquêtes épidémiologiques réalisées suite à des cas groupés d'infections. Lors de l'épidémie mondiale d'infections post-opératoires sous circulation extra-corporelle (CEC), l'étude des souches de M. chimaera, issues des patients et des générateurs thermiques de CEC, a confirmé la spécificité génomique de la souche épidémique, tout en observant une certaine diversité du cluster. Enfin, l'étude génomique comparative de souches de M. marinum et M. chelonae isolées lors d'infections iatrogènes a permis d'infirmer ou de confirmer le mode de contamination dans ces différents cas. En conclusion, l'étude de génomique comparative des mycobactéries nous a permis de mieux caractériser les évolutions du génome de M. leprae et de diverses MNT par rapport aux infections, que ce soit sur un temps long, avec l'exemple de la diffusion de M. leprae à Madagascar, ou sur un temps plus court, lors d'enquêtes épidémiologiques à la recherche de la source d'une contamination.