Caractérisation des adénocarcinomes pancréatiques par le profilage du transcriptome et la recherche d'ADN tumoral circulant
Characterization of pancreatic adenocarcinomas by transcriptome profiling and screening for circulating tumor DNA
par Shulin ZHAO sous la direction de Jean-Baptiste BACHET
Thèse de doctorat en Biologie moléculaire
ED 563 Médicament, Toxicologie, Chimie, Imageries

Soutenue le lundi 18 octobre 2021 à Université Paris Cité

Sujets
  • Adénocarcinome canalaire pancréatique
  • ADN tumoral
  • Séquençage des acides nucléiques
  • Transcriptome
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Mots clés
Adénocarcinome du pancréas, Séquençage de l'ARN, ADN tumoral circulant
Resumé
L'adénocarcinome du pancréas (AP) est l'une des tumeurs digestives malignes les plus fréquentes. Malgré le développement du traitement avec une thérapie adjuvante optimisée, l'AP reste le cancer digestif le plus mortel. Caractériser les APs dans les études translationnelles pourrait aider à mieux comprendre l'hétérogénéité des APs, identifier de nouvelles cibles thérapeutiques, et potentiellement aider à mieux définir la stratégie thérapeutique optimale pour chaque patient. Le profilage transcriptomique et la détection de l'ADN tumoral circulant (ADNtc) sont des outils prometteurs. Le but de notre travail était de mieux caractériser les APs en utilisant le séquençage de l'ARN (RNA-seq) et l'ADNtc. Dans la première étude, nous avons effectué RNA-seq sur une cohorte précédente d'échantillons de APs réséqués qui ont été analysés par la technologie des puces à ARN. Nous avons utilisé la précision et l'analyse complète du transcriptome pour classer les tumeurs avec des scores de composants quantitatifs au lieu de classifications qualitatives de sous-types. A l'aide de nouveaux échantillons inclus, nous avons défini un nouveau modèle pronostique avec les scores des composantes transcriptomiques et les caractéristiques clinicopathologiques (envahissement ganglionnaire et marges de résection). Ce modèle a montré une meilleure performance de pronostic sur la survie sans maladie (DFS) et la survie globale (OS). La deuxième étude est une étude de cohorte utilisant des échantillons de sang prélevés de manière prospective et consécutive. Les patients avec APs réséquées primaires et sans traitement néoadjuvant ont été recrutés. Nous avons évalué la corrélation entre les signatures transcriptomiques, l'ADNtc et le microenvironnement tumoral chez les patients avec APs réséquées. Notre résultat a montré que les patients dont les tumeurs composées de composants tumoraux dominants de type basal étaient plus susceptibles de présenter des ADNtc et présentaient un état de « désert immunitaire » dans la tumeur. Nous avons également deux études en cours, incluant des patients atteints de APs métastatiques dans trois essais contrôlés randomisés. Les RNA-seq des prélèvements tumoraux ont été réalisés (n=197). Nous allons étudier le paysage transcriptomique des APs métastatiques, la valeur prédictive de la classification des sous-types à l'efficacité de différents schémas de chimiothérapie et leur corrélation avec la présence d'ADNtc. Nos études devraient aider à mieux comprendre les sous-types de APs primaires et métastatiques définis sur le transcriptome. Les modèles précis et complets développés dans nos études pourraient être utiles dans la pratique de la gestion précise des APs.