Caractérisation virologique des virus VIH-1 isolés en primo-infection en France
Study of the viral diversity in patients included in the ANRS PRIMO CO6 Cohort at the time of primary HIV-1 infection
par Frange Pierre sous la direction de Chaix Marie-Laure
Thèse de doctorat en Virologie
École doctorale Génétique, Cellulaire, Immunologie, Infectiologie et Développement

Soutenue le Monday 14 October 2013 à Université Paris Descartes ( Paris 5 )

Sujets
  • France
  • VIH (virus)
  • Virologie médicale
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Mots clés
VIH-1,Primo-infection,Tropisme,CCR5,CXCR4,Diversité virologique,Sous-types,Virus recombinants,Clusters de transmission,Transmission sexuelle
Resumé
L'épidémiologie moléculaire des virus VIH-1 en France est caractérisée par une augmentation constante de la diversité virologique et de la fréquence des virus de sous-types non-B chez les patients en primo-infection. Entre 1997 et 2007, 28.4% des 591 patients suivis étaient infectés par des virus de sous-types non-B. De plus, 49 patients (8.3%) étaient infectés par des souches de sous-types différents sur les gènes pol et env, témoignant d'évènements de recombinaisons entre ces gènes. Ces virus recombinants étaient isolés à la fois chez des patients originaires d'Afrique sub-saharienne (28.3%) et des sujets caucasiens (6.3%). Ces résultats témoignent des échanges de souches virales entre les populations d'origine africaine et caucasienne, contribuant encore à augmenter la diversité virologique dans ces deux populations. Parmi 131 virus de sous-types non-B, 12.2% étaient classés comme ayant un tropisme CXCR4 par méthode génotypique, mais seulement 0.8% par méthode phénotypique, indiquant d'une part la faible proportion de virus non-B de tropisme CXCR4 en primo-infection en France, et d'autre part le manque de spécificité des méthodes génotypiques de détermination du tropisme pour ces sous-types, rendant nécessaire la mise au point d'autres algorithmes spécifiques pour ces virus.L'analyse de 987 virus isolés dans la cohorte entre 1999 et 2010 a mis en évidence que 12.7% d'entre eux étaient regroupés en "clusters" de transmission. Les patients en primo-infection contribuent donc de façon significative à la propagation de l'épidémie de VIH en France, particulièrement les hommes homo/bi-sexuels, avec une fréquence augmentant au cours de la période récente (2006-2010).La comparaison des quasi-espèces virales circulant concomitamment chez 8 patients en primo-infection (« receveurs ») et leurs 8 partenaires sexuels respectifs (« donneurs ») a révélé dans tous les cas la transmission d'un virus unique, présent de façon minoritaire parmi les sous-populations virales du donneur. La transmission virale muqueuse implique donc une sélection génétique drastique.