Single molecule nanomanipulation based analysis of DNA mismatch repair
Étude de la réparation des mésappariements de l'ADN par des méthodes de nanomanipulation de molécule-unique
par Kateryna NITSENKO sous la direction de Marc NADAL
Thèse de doctorat en Biologie moléculaire et structurale et biochimie, biophysique moléculaire
ED 474 Frontières de l'Innovation en Recherche et Education

Soutenue le mardi 15 décembre 2020 à Université Paris Cité

Sujets
  • ADN -- Réparation
  • Escherichia coli
  • Protéine MutS de liaison aux mésappariements de l'ADN
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Mots clés
Réparation de l'ADN, Escherichia coli, Mésappariement de bases, Pinces magnétiques
Resumé
La réparation post-réplicative des mésappariements d'ADN est hautement conservée dans tous les organismes. Une carence ou un dysfonctionnement de ce système conduit à un phénotype mutateur et à une prédisposition au cancer chez l'homme. Dans les bactéries à Gram négatif, telles que Escherichia coli, le processus de réparation des mésappariements d'ADN (MMR) est initié par la protéine MutS, qui recherche et reconnaît la mésappariement et recrute MutL. L'activation consécutive de l'endonucléase MutH conduit à l'introduction d'une coupure simple brin non méthylé au site 5'-GATC hémiméthylé le plus proche (qui peut être situé jusqu'à 1 kpb) au mésappariement. Lors de l'incision, l'ADN hélicase II, UvrD, est recrutée pour dérouler l'ADN, permettant aux exonucléases d'exciser le brin avec une base mésappariée et d'effectuer une synthèse de novo du brin d'ADN. Dans ce travail, je propose une analyse en molécule unique des étapes d'initiation et d'excision de la réparation des mésappariements chez E. coli, en utilisant la technique des pinces magnétiques. Grâce à l'utilisation de cette approche, j'ai pu montrer le mécanisme de communication entre les protéines du MMR au cours de l'étape d'initiation ainsi que l'importance de la région non-structuré reliant les deux domaines de MutL dans ce processus.