Rôle de la RNase III dans l'adaptation d'Escherichia coli à son environnement
Role of RNase III in the adaptation of Escherichia coli to its environment
par Maxence LEJARS sous la direction de Eliane HAJNSDORF
Thèse de doctorat en Microbiologie
ED 562 Bio Sorbonne Paris Cité

Soutenue le jeudi 10 décembre 2020 à Université Paris Cité

Sujets
  • ARN
  • ARN antisens
  • Éléments de régulation transcriptionnelle
  • Motilité
  • Réaction de choc thermique
  • Ribonuclease III
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Mots clés
ARNas, Régulation post-Transcriptionnelle, RpoH, SodA, PhoP, FlhDC
Resumé
La régulation de l'expression génétique permet aux bactéries de s'adapter aux constantes modifications de leur environnement. Au niveau post-transcriptionnel, une compétition constante entre ribonucléases, protéines chaperonnes de l'ARN, ARN régulateurs et machinerie de traduction est essentielle à la coordination rapide des circuits génétiques. Ce projet est focalisé sur l'étude de la ribonucléase RNase III, spécifique des ARN double brin, impliquée dans la maturation des ARNr ainsi que dans le contrôle de l'expression génétique chez E. coli. Dans un premier axe de recherche, nous avons mis en évidence la réduction de la survie du mutant inactivé pour la RNase III (rnc) lors d'un choc de haute et de basse température ainsi que pendant un stress oxydant. Une analyse transcriptomique couplée à une analyse protéomique, comparant une souche sauvage à une souche rnc suggèrent que le régulateur majeur de la réponse de choc thermique RpoH et la superoxyde dismutase A, SodA sont des cibles de la RNase III impliquées dans l'augmentation de la sensibilité du mutant rnc à ces deux stress. Nous avons ainsi observé que la RNase III est impliquée dans l'induction de l'expression de RpoH pendant un choc thermique de haute température ainsi que dans l'expression de SodA. Dans un second axe de recherche, l'analyse des données de transcriptomique nous a permis d'identifier 6 nouveaux ARN antisens, dont la dégradation dépend de la RNase III. Nous nous sommes focalisés sur l'étude de l'ARN antisens AsflhD, complémentaire du gène flhD, encodant le régulateur majeur de la cascade de motilité. Remarquablement, nous avons observé que la RNase III est impliquée dans la dégradation d'AsflhD et de flhDC de manière indépendante. De plus, les résultats obtenus suggèrent qu'AsflhD est impliqué dans la régulation positive, mais également négative de l'expression de FlhD en fonction du niveau de transcription du gène flhD.