Clostridioides difficile, Colonisation, Souches non-Toxinogènes, Nouveau-Né prématuré, Microbiote intestinal, Métagénomique

Chez l'adulte, C. difficile est un pathogène majeur responsable de diarrhées post-antibiotiques et de colites pseudomembraneuses. Les infections s'accompagnent de modifications du microbiote intestinal. Chez les enfants de moins de 2 ans, le portage asymptomatique de C. difficile est très fréquent, mais les infections exceptionnelles. Aucune étude récente n'est disponible sur la colonisation par C. difficile et ses relations avec le microbiote intestinal chez le nouveau-né prématuré (NNP), population particulièrement exposée du fait de traitements antibiotiques et d'un microbiote intestinal en voie de maturation. Dans la première partie de ce travail (Ferraris, Couturier et al. PLoS One, 2019), nous avons effectué une étude prospective longitudinale monocentrique incluant 121 NNP. Nous avons observé un taux élevé de colonisation par C. difficile, augmentant de 20% à 61% entre 1 semaine et 1 mois de vie. Pendant l'hospitalisation, un nombre limité de souches non toxinogènes (NTCD) génétiquement reliées ont été isolées. Après la sortie de l'hôpital, les NNP étaient colonisés par une plus grande diversité de souches, incluant des souches toxinogènes. Le taux de colonisation diminuait après 1 an. Deux clones de NTCD appartenant aux PCR-ribotypes (CE)032 et (CE)847 représentaient 78% des souches. Nous avons émis l'hypothèse que ces clones pouvaient empêcher la colonisation par les souches toxinogènes. Dans la deuxième partie (Couturier et al., soumis à Journal of Clinical Medicine), nous avons recherché la présence de ces deux NTCD chez les NNP de deux cohortes multicentriques (N total=247). Nous avons confirmé que les souches (CE)032 et (CE)847 colonisaient des NNP de cadre spatio-temporel varié. En particulier, des souches (CE)032 ont été isolées à plusieurs années d'écart dans 8 établissements de soins en France. Le rôle protecteur vis-à-vis de l'infection à C. difficile (ICD) a été évalué dans un modèle de caecite du hamster due à la souche hypervirulente 027. Le taux d'ICD fatales a chuté de 100% dans le groupe contrôle à 11% et 44% si une souche (CE)032 ou (CE)847 était préalablement administrée aux animaux. La souche (CE)032 prévenait efficacement la colonisation par la souche toxinogène, avec seulement 2/9 animaux co-colonisés. Dans la troisième partie (Couturier et al., en préparation), nous avons étudié par métagénomique ciblée sur l'ADNr 16S le microbiote intestinal des NNP appartenant aux deux cohortes multicentriques (N total = 599) afin de rechercher les modifications associées à la colonisation par C. difficile. Le microbiote intestinal des NNP était majoritairement composé de Proteobacteria (principalement Enterobacteriaceae) et de Firmicutes (principalement Enterococcaceae, Staphylococcaceae et Clostridiaceae). L'alpha-diversité était supérieure chez les NNP colonisés. La ß-diversité différait significativement entre les deux groupes d'enfants, avec une différence plus marquée à 1 mois qu'à 1 semaine de vie. Des taxons appartenant aux familles des Micrococcaceae, Dermabacteraceae, Lachnospiraceae, et Oscillospiraceae, ainsi qu'une espèce du genre Veillonella étaient plus fréquemment retrouvés chez les enfants colonisés. Les Lactobacillales, Bacteroidales, Prevotellaceae et Bifidobacterium breve ont été identifiés comme biomarqueurs associés à l'absence de C. difficile. Les NNP colonisés étaient moins fréquemment traités par antibiotiques. Le mode d'accouchement, l'antibiothérapie maternelle et l'entérocolite ulcéronécrosante n'étaient pas associés à la colonisation par C. difficile. Ce travail de thèse apporte des données récentes sur l'épidémiologie de la colonisation par C. difficile chez le NNP et a permis d'identifier des souches non toxinogènes potentiellement protectrices vis-à-vis de l'ICD. Nous avons décrit des modifications du microbiote intestinal du NNP associées à la colonisation ou à son absence. Les mécanismes et la chronologie de ces processus restent à approfondir.