Shigella, MicroARN, MiR-6762-5p, Interaction hôte-pathogène, Cytosquelette, RhoA

Shigella flexneri est une bactérie pathogène intracellulaire facultative, infectant spécifiquement l'épithélium colorectal de l'Homme, causant ainsi une dysenterie bacillaire. Notre équipe et d'autres ont montré que cette bactérie utilise de nombreuses stratégies pour contrôler la transcription de l'hôte. Les microARN (miARN) participent à la réponse transcriptionelle et constituent des régulateurs post-transcriptionels majeurs de l'expression des gènes. Ils ont récemment émergés comme un acteur majeur dans l'interaction hôte-pathogène, soit en s'inscrivant dans la réponse de défense l'hôte pour neutraliser l'infection, ou comme arsenal bactérien visant à détourner les fonctions cellulaires de l'hôte pour son propre bénéfice. De plus, il a été démontré que les miARN ciblent des fonctions variées de l'hôte comme l'immunité, le cycle cellulaire, l'organisation du cytosquelette, l'autophagie, la mort et la survie cellulaire. Ainsi, l'identification de nouveaux miARN régulant certains processus infectieux fournissent de nouvelles informations sur la physiopathologie des infections bactériennes. Dans cette optique, une analyse de la réponse miARN pendant l'infection par Shigella permettrait d'approfondir les connaissances de sa physiopathologie. Dans cette étude, nous présentons une image globale de la réponse miARN de l'hôte lors de l'infection de cellules de colon par Shigella. Cette réponse est caractérisée par la modification de l'expression d'un petit groupe d'une trentaine de miARN. Parmi eux, nous nous sommes focalisés sur le miARN hsa-miR-6762-5p, de fonction indéterminée jusqu'alors. De façon intéressante, ce miARN est codé dans l'intron du gène TPCN1 (two-pore chanel 1), un canal ionique endosomal aussi impliqué dans la maturation de toxine bactériennes. La structure de cet intron suggère que le miR-6762-5p est maturé par une voie non-canonique, appelée voie des mirtrons, impliquant le débranchage de l'intron après l'épissage du transcrit hôte et sa maturation en structure de précurseur classique de miARN avant son export du noyau. Étonnamment, nous avons montré que ce miARN est indétectable à l'état basal alors qu'il se trouve fortement exprimé en phase tardive de l'infection par Shigella. De façon intéressante et en cohérence avec la spécificité humaine de l'infection par Shigella, l'expression du miR-6762-5p n'est partagée qu'entre l'homme et les grands singes. Pour identifier la fonction de ce miARN, nous avons généré des lignées transgéniques stables exprimant le miR-6762-5p de façon inductible par la doxycycline. Grâce à une étude transcriptomique sur l'ensemble du génome, nous avons identifié que le miR-6762-5p cible la voie de signalisation des RhoGTPases. Les RhoGTPases sont des acteurs majeurs dans la régulation de fonctions cellulaires diverses, y compris dans la régulation du cytosquelette. De plus, les RhoGTPases sont la cible de différents effecteurs de Shigella permettant ainsi le contrôle d'aspects variés de la vie intracellulaire de la bactérie, en particulier l'entrée dans la cellule, la mobilité intracellulaire basée sur l'actine, ainsi que la dissémination vers les cellules adjascentes. Dans ce travail, nous démontrons que le miR-6762-5p contrôle la signalisation par RhoA lors de la phase tardive d'infection par Shigella. En conclusion, nous avons identifié un nouveau miARN spécific de l'homme et son rôle dans la régulation du cytosquelette lors de l'infection par Shigella.