Métabolomique, Lc/hrms, Méconium, Cartographie globale, Approches multi-Omiques, Allergies alimentaires

Le méconium est une matrice complexe, métaboliquement inactive qui s'accumule in utero pendant les 6 derniers mois de grossesse. Sa composition pourrait refléter les expositions du foetus, en lien avec les facteurs environnementaux et de santé des mères, pouvant impacter la santé future de l'enfant. L'un des enjeux de cette thèse a été de mettre en place une méthodologie d'analyse métabolomique non ciblée du méconium par LC/HRMS. Les optimisations réalisées ont permis de définir une méthodologie robuste de préparation de l'échantillon et d'établir une cartographie globale du méconium réalisée sans a priori. Un second objectif a été d'appliquer cette méthodologie à 35 échantillons de méconiums, collectés longitudinalement au cours des trois premiers jours de vie chez 11 nouveau-nés (collaboration réalisée avec la clinique Ste Thérèse Paris 17e). L'analyse métabolomique a été complétée par des analyses de (méta)protéomique (collaboration réalisée avec le LI2D du CEA-Marcoule) et de métagénomique ciblée (collaboration réalisée avec l'institut Micalis de l'INRAe de Jouy en Josas). Ces analyses ont permis de décrire la cartographie la plus exhaustive du méconium, connue à ce jour avec l'identification : de 230 métabolites au plus haut niveau de confiance, de 922 protéines humaines et de 165 OTUs bactériens. De plus, ces analyses ont permis d'approcher les variabilités interindividuelles et l'évolution temporelle de la composition globale des méconiums. L'analyse métabolomique a ensuite été menée sur 308 échantillons collectés au sein de la cohorte mère-enfant EDEN, une cohorte bi-centrique française. Cette analyse enrichit la cartographie métabolique préalablement décrite, et met en évidence un effet jour et un effet centre sur cette composition, confortant notre hypothèse quant à l'impact de l'environnement sur la composition du méconium. De plus, 40 variables non annotées montrent des intensités significativement différentes entre des méconiums excrétés par des enfants qui développeront une allergie alimentaire dans l'enfance comparé aux enfants qui n'en développeront pas. La combinaison de ces données, qui sont en train d'être complétées par les analyses de métagénomique et (méta)protéomique, avec les informations collectées auprès des mères (alimentation, santé, lieu de vie...), permettrait de mettre en lien les expositions in utero sur la composition du méconium, et de son association avec la santé future de l'enfant.