ADN VIH total, ADN VIH intégré, Primo-infection, Réservoirs, Contrôleurs naturels, Contrôleurs post-traitement, NGS

La persistance du VIH sous forme d'ADN intégré (provirus) dans le génome des cellules réservoirs impose un traitement antirétroviral (ARV) à vie. En effet, un arrêt des ARV est presque toujours suivi d'un rebond de réplication virale. Une part importante de la recherche actuelle sur le VIH vise à trouver le moyen de cibler ces réservoirs, pour permettre l'éradication ou la guérison fonctionnelle de l'infection. Cela implique au préalable de caractériser de manière précise les réservoirs, de mieux comprendre leur établissement et leurs mécanismes de persistance. L'objectif de ce travail est d'une part, de décrire l'établissement des formes intégrées en histoire naturelle, lors la primo-infection et au cours de l'évolution jusqu'au stade chronique et au stade SIDA, et d'autre part, de caractériser finement les réservoirs sanguins du VIH en situation d'infection contrôlée (contrôleurs post-traitement (PTC), qui conservent le contrôle de la réplication virale après arrêt des ARV et ont une faible charge ADN VIH, contrôleurs naturels et patients sous ARV efficace, initié en primo-infection (PHI) ou au stade chronique (CHI)). Nous avons montré que les formes intégrées d'ADN VIH, les plus stables et persistantes, sont minoritaires chez la plupart des individus dans les trois premiers mois d'infection (12% de formes intégrées en médiane), puis deviennent rapidement majoritaires (65% en médiane 3 à 12 mois après la contamination). Cela peut expliquer en partie la diminution d'ADN VIH total après initiation des ARV d'autant plus marquée que ceux-ci sont initiés tôt, et souligne l'importance d'un diagnostic précoce. A plus long terme, nous décrivons par une modélisation sur six ans que les charges ADN VIH total et ADN VIH intégré continuent d'augmenter. Par ailleurs, nous avons montré pour la première fois la valeur prédictive d'évolution rapide vers le SIDA de la charge ADN VIH intégré mesurée dans la première année d'infection. Sur le plan qualitatif, une majorité de provirus est défective chez les individus sous ARV. Nous avons recherché si une grande proportion ou quantité de génomes défectifs ou si une faible diversité génétique pourraient contribuer au contrôle de l'infection chez les PTC. Nous avons caractérisé le génome complet ADN VIH chez 9 PTC (9.2 ans après arrêt des ARV en médiane) et 10 contrôleurs naturels (19 ans de suivi médian) par une approche de séquençage à haut débit. La diversité virale était plus faible chez les PTC, les 6 PHI et les contrôleurs naturels avirémiques que chez les contrôleurs « blippeurs » et les 6 CHI. Par ailleurs, seule une minorité des provirus est génétiquement intacte chez les PTC (médiane [range] 4 [0-36] % ; 16 [0-56] copies/M PBMCs), mais sans différence significative, ni en proportion ni en quantité de génomes intacts, avec les autres groupes. Deux PTC n'ont pas de provirus intact détecté. Les contrôleurs naturels avaient une proportion de séquences hypermutées plus faible que les autres groupes, suggérant qu'APOBEC ne joue pas un rôle majeur dans leur contrôle. De plus, deux contrôleurs naturels présentaient une délétion du gène nef sur l'intégralité des séquences ; une infection par une souche virale atténuée pourrait dans ce cas contribuer au contrôle de l'infection. En conclusion, ces résultats confortent l'intérêt des traitements précoces avant l'établissement de formes d'ADN VIH persistantes. Pour la première fois, nous décrivons que seuls 4 % des provirus sont intacts chez les PTC, avec une grande hétérogénéité entre les patients, certains n'ayant pas de provirus intact détecté. L'absence d'évolution de la quasiespèce et de ses défauts génétiques, ainsi que sa faible diversité génétique, reflètent la faible réplication résiduelle y compris après interruption thérapeutique. Cela peut avoir contribué à préserver les réponses immunes sans les épuiser. Des études dans les tissus des PTC sont nécessaires pour déterminer plus globalement le niveau de provirus intacts dans l'organisme.