Cancer pulmonaire, Facteur pronostique, STK11, ADN plasmatique, ADN tumoral circulant

Nos travaux de recherche avaient pour objectif d'optimiser et de personnaliser la prise en charge des patients atteints de cancer pulmonaire non à petites cellules (CBNPC) grâce à l'étude de des caractéristiques génétiques tumorales. Bien que les mutations STK11 soient l'une des altérations les plus fréquentes des CBNPC, leur impact sur le pronostic des patients opérés est mal connu. Grâce à l'utilisation du séquençage de nouvelle génération (NGS), nous avons caractérisé les mutations STK11 dans une série de 567 patients opérés pour un CBNPC. Nous avons montré que l'impact pronostique des mutations de STK11 dépend de leur position sur le locus: les mutations STK11 des exons 1 et 2 sont associées à un pronostic défavorable alors que les mutations des exons 3 à 9 sont associées à un pronostic similaire à celui des tumeurs STK11 sauvages. Ces résultats sont concordants avec les travaux de recherche pré-cliniques montrant qu'une mutation non-sens sur le premier exon de STK11 induit l'expression d'une isoforme ΔN-STK11 tronquée dans sa partie N-terminale et ayant des propriétés oncogéniques. La caractérisation moléculaire destumeurs est possible grâce à l'ADN circulant. Les mutations somatiques tumorales peuvent être retrouvées dans l'ADN libre circulant, dont une partie provient des cellules tumorales et constitue l'ADN tumoral circulant (ADNtc). Avant la réalisation de notre travail, plusieurs équipes avaient démontré qu'il était possible d'utiliser l'ADNtc comme une alternative à la biopsie pour détecter les mutations avant traitement ou lors de la progression chez des patients atteints d'un CBNPC. Notre objectif était de mettre au point et valider une technique de détection ultra-sensible basée sur le NGS ciblé pour détecter des mutations dans l'ADN circulant, Nous avons développé la méthode BPER (Base Position Error-Rate) qui permet d'analyser les données issues du séquençage avec une plus grande sensibilité que les méthodes actuelles pour un coût identique. A chaque position génomique, la fréquence des A, T, C, G, insertions, délétions observée par le séquençage d'un échantillon plasmatique est comparée individuellement à l'estimation du taux d'erreur observé dans un groupe d'échantillons contrôle. Cet outil bioinformatique a été développé et rendu publique sous la forme d'un package R intitulé « PlamaMutationDetector ». Afin d'évaluer l'utilité clinique de cette méthode, nous avons mené une étude observationnelle prospective chez des patients traités par chimiothérapie ou anti-EGFR pour un CBNPC avancé ou métastatique nouvellement diagnostiqué. Nous avons pu montrer l'impact pronostique défavorable de la présence d'ADNtc avant le début du traitement. Nous avons aussi mis en évidence que la persistance d'une détection d'ADNtc lors de la première évaluation sous traitement (à 6 semaines) était associée à une survie plus courte. Ainsi, l'efficacité thérapeutique pourrait être évaluée par la quantification de l'ADNtc au cours du traitement en complément ou en remplacement de l'évaluation radiologique selon les critères RECIST. La réponse complète biologique pourrait devenir un critère d'évaluation dans les essais thérapeutiques. En conclusion, cette étude a permis de mieux caractériser les CBNPC STK11 mutés sur le plan clinique et de souligner la dualité de fonction potentielle de ce gène suppresseur de tumeur. Ce travail ouvre la voie à la recherche de stratégies thérapeutiques différentes pour chacun des sous groupes de patients. Nous avons développé un outil de détection non invasive des mutations somatiques tumorales dans le plasma et montré l'intérêt clinique de cette nouvelle stratégie de typage. Des études interventionnelles basées sur l'ADNtc comme témoin de la réponse thérapeutique pourront maintenant être réalisées. Enfin, il est probable que l'impact pronostique de l'ADNtc soit encore plus marqué chez les patients porteurs de CBNPC de stade précoce et permette de guider la prise en charge.