Détection, caractérisation et comparaison des interactions protéine - ligand
Detection, characterization and comparison of molecular interactions in protein-ligand
par Nicolas SHINADA sous la direction de Alexandre de BREVERN
Thèse de doctorat en Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie. Biothérapie
ED 561 Hématologie, oncogenèse et biothérapies

Soutenue le lundi 28 janvier 2019 à Sorbonne Paris Cité

Sujets
  • Bioinformatique
  • Interactions médicamenteuses
  • Ligands (biochimie)
  • Protéines de liaison
  • Synthèse protéique

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Mots clés
Chémoinformatique
Resumé
Appréhender le mécanisme fin de la liaison d'un ligand sur sa protéine est un enjeu majeur de l'industrie pharmaceutique. L'objectif principale de cette thèse est d'améliorer la compréhension de ce mécanisme par l'étude des interactions moléculaires. A cette fin, une méthode de détection de contacts à grande échelle fut mise en place. Les premiers chapitres illustrent les différents types d'interaction recensés dans la littérature ainsi que les outils qui ont été développés au cours de cette thèse pour en permettre l'analyse. A l'aide des contacts générés par notre méthode, une analyse exhaustive a été réalisée sur un ensemble de complexe protéine - ligand caractérisant l'environnement d'interaction des atomes halogènes. Les résultats obtenus mettent en avant la complexité de la description des interactions dans un contexte protéine - ligand. Une analyse structurale des modes de liaison des ligands issus de la PDB a été effectuée pour évaluer de manière quantitative cette diversité. Un travail spécifique sur ka redondance importante des représentations de complexes protéine - ligand a été effectué amenant une stratégie innovante dédiée aux complexes protéine - ligand. L'interaction et la fonction d'une protéine étant très étroitement liée à sa structure, le comportement dynamique des structures hélicoïdales dans les protéines a été étudiée. L'utilisation d'une méthode de regroupement met en évidence une stabilité jusque-là peu soupçonnée des hélices les plus rares.