Cancer du côlon, Transcriptomique spatiale, Signatures tumorales et stromales pronostiques, Pronostic, Hétérogénéité spatiale

Le profil transcriptomique du cancer du côlon a été défini par la classification Consensus Molecular Subtype (CMS), qui met en évidence des associations fortes avec les infiltrats immunitaires et stromaux. Cependant, l'organisation à l'échelle spatiale de ces signatures au sein des tumeurs reste encore largement méconnue. Dans ce travail, nous avons établi un atlas de transcriptomique spatiale incluant 48 cancers du côlon de stade III, confirmant une hétérogénéité intra tumorale des sous-types CMS à l'échelle spatiale. Les signatures moléculaires associées aux sous-types CMS ainsi que les signatures immuno-stromales ont été fidèlement reproduites à l'échelle spatiale, validant ainsi que l'analyse transcriptomique en bulk reflète l'architecture tumorale. Nous avons identifié des micro-environnements tumoraux et stromaux récurrents, définissant de nouvelles signatures pronostiques validées dans trois cohortes indépendantes de bulk transcriptomique regroupant plus de 3 500 patients. L'analyse approfondie du micro-environnement stromal a mis en évidence une hétérogénéité spécifique, avec des signatures transposables aux données du bulk et associées à des phénotypes moléculaires et cliniques particuliers. Ainsi, la transcriptomique spatiale permet de caractériser des micro-environnements cellulaires biologiquement pertinents dans le cancer du côlon, fournissant une base pour l'étude des mécanismes liés à la récidive tumorale et permettant le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques. Les signatures moléculaires correspondantes ont été validées dans des données de transcriptomique en bulk, renforçant leur potentiel d'intégration en pratique clinique pour améliorer la stratification des patients.