Covid-19, SARS-CoV-2, Microbiote intestinal, Métabolites intestinaux, Réponse muqueuse intestinale, Enfants, Population pédiatrique

Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) est l'agent responsable de la COVID-19, une infection respiratoire aux manifestations cliniques variées. Chez les enfants, cette infection se manifeste généralement par des symptômes légers à modérés au niveau des voies respiratoires supérieures, souvent accompagnés de troubles gastro-intestinaux. Cette atteinte digestive pourrait être expliquée par la capacité du virus à infecter non seulement les cellules pulmonaires, mais également les cellules œsophagiennes et intestinales. Comme pour d'autres infections virales respiratoires, la COVID-19 s'accompagne fréquemment de perturbations de la composition du microbiote intestinal. Des travaux chez l'adulte ont mis en évidence une dysbiose caractérisée par un appauvrissement en bactéries commensales bénéfiques et un enrichissement en pathobiontes, ainsi que des altérations de l'environnement intestinal, incluant une perturbation des concentrations de métabolites clés tels que les acides gras à chaîne courte (AGCC), et une altération de l'intégrité de la barrière intestinale. Malgré l'abondance des données chez l'adulte, les études pédiatriques restent à ce jour très limitées. Chez l'enfant, dont le microbiote et le système immunitaire sont en pleine maturation, les réponses inflammatoires et immunitaires diffèrent significativement de celles observées chez l'adulte. Dans ce contexte, la présentation généralement paucisymptomatique de la COVID-19 dans cette population pourrait refléter des caractéristiques particulières du microbiote intestinal et de l'immunité muqueuse, encore peu explorées à ce jour. Le présent travail vise à analyser l'impact de l'infection SARS-CoV-2 sur le microbiote intestinal d'une cohorte pédiatrique libanaise suivie exclusivement en ambulatoire, composée d'enfants en phase évolutive d'infection (prélèvement dans les 14 jours suivant un test PCR positif, n=14), d'enfants guéris (2 semaines à 12 mois post-infection, n=33), et d'enfants témoins n'ayant jamais été infectés (n=39). L'étude inclut également l'évaluation de la fonctionnalité du microbiote via la quantification des métabolites bactériens (AGCC, acides biliaires, dérivés du tryptophane), ainsi que l'exploration de la réponse immunitaire muqueuse intestinale à travers le dosage de biomarqueurs fécaux: calprotectine fécale, immunoglobulines A sécrétoires (IgAs) et beta-défensine humaine de type 2 (hBD-2). Les échantillons de selles ont été collectés auprès d'enfants âgés entre 1 mois à 12 ans ayant un test PCR positif pour le SARS-CoV-2, après consentement éclairé des tuteurs légaux. Les données cliniques et démographiques ont été recueillies grâce à un questionnaire rempli par les parents. Le profil bactérien a été déterminé par séquençage haut débit du gène de l'ARNr 16S, complété par une quantification ciblée de certains taxons bactériens d'intérêt par PCR quantitative (qPCR). Cette étude descriptive, comparative et prospective a été menée en collaboration entre le Laboratoire des Agents Pathogènes de l'Université Saint-Joseph de Beyrouth (Liban) et l'unité INSERM UMRS 1139 « Fonctions placentaires et reproductives, Microbiote pré et post natal » de l'Université Paris Cité. En analysant les modifications du microbiote, les altérations métaboliques intestinales et la dynamique des biomarqueurs immunitaires au cours et après l'infection, cette étude vise également à évaluer la persistance ou la réversibilité de ces perturbations. Les résultats pourraient ouvrir la voie à des stratégies de nutrition personnalisée et de modulation du microbiote (pré/pro/postbiotiques), en vue d'optimiser la prévention, le traitement et le suivi post-COVID chez l'enfant.