Métagénomique, Métatranscriptomique, Virus, Pathogène, Aichi virus, Circovirus, Hépatite, Déficit immunitaire, Séquençage à haut débit, Ngs

Les patients présentant un déficit immunitaire primitif ou secondaire peuvent être infectés par un large panel de pathogènes, opportunistes ou non, entrainant des symptômes parfois atypiques et avec une expression clinique retardée suite à la primo-infection, ce qui rend le diagnostic de ces infections particulièrement difficile. Bien que les techniques de culture ou de PCR universelle pour le diagnostic des infections bactériennes soient souvent à large spectre, la recherche de virus est ciblée, ce qui limite la liste des virus détectables aux virus pathogènes les plus communs. Dans ce contexte, certaines pathologies qui pourraient avoir une étiologie virale restent inexpliquées. La métagénomique (mNGS) permet l'identification non ciblée d'un large éventail d'agents pathogènes, y compris les virus rares ou nouveaux qui ne sont pas détectés avec les techniques conventionnelles. L'analyse mNGS est reconnue comme un outil de diagnostic précieux, cependant les performances de cette analyse dans le cadre du soin et ses indications les plus pertinentes sont mal définies. L'objectif de cette étude est d'identifier des virus impliqués dans certaines pathologies inexpliquées notamment hépatiques du patient immunodéprimé par mNGS et d'identifier des indications de l'analyse mNGS pour le diagnostic des infections virales. Dans la première partie de ce travail, nous avons mis en évidence une nouvelle pathologie associée à Aichi virus chez six patients présentant un déficit immunitaire primitif. Nous avons également apporté un faisceau d'arguments en faveur du lien causal entre l'infection persistante par le virus et la pathologie hépatique chronique, grâce à la mise au point de techniques de RT-PCR, d'hybridation in situ et de génotypage à façon. Dans la deuxième partie de ce travail nous avons identifié un nouveau Circovirus, Human circovirus 1, chez une patiente adulte greffée coeur-poumon présentant une hépatite aiguë inexpliquée. Nous avons également exploré le lien causal entre ce virus et la pathologie en développant des techniques moléculaires à façon. Enfin dans la troisième partie de ce travail, nous avons analysé les résultats de trois années d'activité de mNGS réalisée prospectivement dans le cadre du diagnostic dans notre centre. Cette étude nous a permis d'identifier un intérêt diagnostic majeur du mNGS chez les patients immunodéprimés (i) pour la détection de pathogènes opportunistes, (ii) en cas de symptômes atypiques ou (iii) dans le cas du diagnostic différentiel avec une pathologie inflammatoire ou dysimmunitaire. Cette étude nous a aussi permis de classer les prélèvements en fonction de leur rentabilité diagnostique pour l'analyse par mNGS, élevée pour les selles et faible pour le liquide céphalorachidien. En effet nous avons montré l'intérêt de l'analyse par mNGS des tissus cérébraux par rapport au liquide céphalorachidien en cas de symptômes neurologiques inexpliqués. L'analyse des selles par mNGS chez des patients présentant un déficit immunitaire primitif et des hépatites inexpliquées pourrait également être une indication de l'analyse mNGS. L'ensemble de ce travail a permis d'affiner le positionnement du mNGS au sein de l'arsenal disponible pour le diagnostic des infections virales.