Orthoflavivirus, Virus transmis par les tiques, Immunité innée, Interféron, Gènes stimulés par l'interféron, CRISPR/Cas9 screen

Les orthoflavivirus transmis par les tiques (OVTs) constituent un problème de santé publique croissant à l'échelle mondiale. Certains représentants de cette famille virale provoquent des maladies neurologiques mortelles chez l'homme, avec un nombre croissant de cas au cours des dernières décennies. La réponse immunitaire innée, en particulier les voies de signalisation activées par les interférons (IFN), est une composante essentielle du système de défense humain pour contrer toutes les infections virales. Bien qu'ils activent la même cascade de signalisation après s'être liés à leurs récepteurs respectifs, les IFN appartenant aux familles de type I et III stimulent l'expression d'un panel de gènes légèrement diffèrent. Parmi ces gènes activés par les IFN-I et -III, ceux qui contrôlent l'infection par les OVTs sont mal caractérisés. J'ai d'abord établi que des lignées cellulaires humaines dérivées de différents tissus étaient protégées différemment contre le virus de la méningoencéphalite à tiques (VMET) selon la famille d'IFN impliquée. J'ai également établi un modèle murin d'infection en utilisant des souris qui n'expriment pas les récepteurs d'IFN-I ou -III. Ces modèles ont souligné l'importance des deux groupes d'IFN pour une protection efficace contre les OVTs in vivo. Afin d'identifier quels effecteurs de la réponse IFN contrôlent l'infection par les OVTs, j'ai criblé une banque d'ARN guides ciblant environ 2 000 gènes stimulés par l'IFN dans des cellules infectées par le TBEV. Cette approche de criblage par perte de fonction basée sur la technique CRISPR/Cas9 a permis d'identifier une vingtaine de protéines dont j'ai ensuite étudié le potentiel antiviral. J'ai découvert que la protéine IFI6 était un acteur central de la réponse IFN-I et IFN-III aux OVTs. À l'aide d'un panel de méthodes virologiques, et biochimiques, ainsi que de stratégies de perte et gain de fonction, j'ai validé la fonction antivirale d'IFI6 contre plusieurs OVTs dans des cellules dérivées de différents tissus humains. J'ai montré que cette protéine était active contre un large panel d'orthoflavivirus. J'ai également obtenu quelques résultats qui permettent de d'établir des hypothèses sur les mécanismes moléculaires de la fonction antivirale d'IFI6. Ce travail a donc ouvert de nouvelles perspectives pour cibler les points faibles du cycle de réplication des OVTs, ce qui pourrait ouvrir la voie au développement de nouvelles thérapies antivirales.