Activation des intégrines, PID / IEI, Thrombopathie, Superfamille Ras des petites GTPases, Immunodéficience combinée, RAP1B, NGS

La protéine liée à Ras 1b (Rap1b) appartient à la superfamille Ras des petites GTPases. Sa forme active, GTP-Rap1, sert de médiateur à l'activation des intégrines dans les plaquettes et les lymphocytes, régulant ainsi leur adhésion et leur migration. Nous avons étudié un garçon présentant dès la naissance une thrombocytopénie, une neutropénie, une monocytopénie, une lymphopénie (avec proportion équilibrée des sous-populations lymphocytaires, mais une diminution des cellules T CD4+ et CD8+ naïves) et une hypogammaglobulinémie profonde. Le séquençage de l'exome entier a révélé un variant de novo c.35G>A, p.G12E dans le gène RAP1B à l'état hétérozygote. Ce variant est inconnu et est prédit comme délétère. G12 est situé dans le site actif de RAP1B. De façon intéressante, G12V conduit à une activation constitutive de Rap1. Le patient a présenté une augmentation anormale de la migration des cellules mononuclées du sang périphérique (PBMC) et une augmentation de l'activation des intégrines dans les plaquettes au repos, ainsi que de l'expression de GTP-RAP1 et une altération du cycle cellulaire dans les cellules B-EBV. La surexpression de G12E et G12V-RAP1B dans une lignée de cellules mégacaryocytaires a reproduit la suractivation des intégrines et l'augmentation anormale de l'activité RAP1B-GTP (également démontrée dans les cellules HEK293T), ce qui confirme que G12E est une mutation « gain de fonction » (GOF pour « gain-of-function »). Les blastes de cellules T transduits avec différents mutants GOF de RAP1B ont montré un avantage sélectif négatif et une apoptose accrue, ainsi qu'une prolifération altérée. De façon intéressante, le séquençage haut débit a identifié RAP1B c.35G>A comme étant une mutation somatique. La fréquence allélique de ce variant (VAF pour « variant allele frequency » ) dans les cellules sanguines périphériques du patient a diminué au cours du temps, tandis qu'elle est restée stable dans les différentes sous-populations cellulaires de la moelle osseuse, ce qui suggère que RAP1B-G12E confère un avantage négatif dans le compartiment périphérique. Nous avons identifié la première mutation RAP1B G12E chez un patient présentant une immunodéficience combinée associée à un dysfonctionnement plaquettaire sévère. Nous avons montré que ce variant est en effet une mutation somatique GOF de novo, suggérant que des mutations monoalléliques de RAP1B devraient être considérées comme nouvelle cause d'erreurs innées d'immunité associées à une thrombopathie.