Virus à ARN, Entérovirus, Recombinaison, Émergence, Évolution virale, SARS-CoV-2, Interféron, Gène stimulés par l'interféron, Facteur de restriction

Un premier volet de notre travail concerne la recombinaison génétique, un mécanisme puissant d'évolution de certains virus à ARN de polarité positive. Deux mécanismes de recombinaison ont à ce jour été décrit : le mécanisme de choix de copie et un mécanisme de recombinaison non-réplicative (RNR) d'origine inconnu. Ce volet visait à vérifier l'existence d'un tel mécanisme en s'affranchissant des biais inhérents aux précédent modèles utilisés et à identifier des facteurs cellulaires impliqués dans ce processus. Pour ce faire, des constructions dérivées du coxsackievirus B4 (CVB4) ne codant pas la polymérase virale et exprimant la protéine rapportrice Nanoluciférase ont été développées. La cotransfection de différents partenaires de recombinaison dans des cellules humaines induit une augmentation de l'émission de luminescence qui témoigne d'évènements de RNR. L'utilisation de ces constructions a ainsi permis de démontrer que la recombinaison observée est spécifique à l'ARN. Le séquençage des molécules d'ARN recombinantes a montré qu'elles étaient majoritairement issus d'évènements de type non homologue. L'extinction de l'expression d'une ARN ligase cellulaire, HSPC117, a provoqué une diminution de l'émission de luminescence. L'ensemble de ces résultats a permis de confirmer l'existence de la RNR qui induit des réarrangements massifs des ARN concernés. Ce mécanisme semble être en partie médié par HSPC117. Un deuxième volet porte sur la réponse interféron dirigée contre le SARS-CoV-2. Avant ce travail, l'étude de cas cliniques avait démontré que l'interféron jouait un rôle central dans le développement de formes graves de la COVID19. Cependant, très peu de gènes stimulés par l'interféron agissant contre ce virus avaient été décrits. Afin d'identifier davantage de gènes impliqués, un criblage à haut-débit utilisant CRISPR-Cas9 a été réalisé. Ceci a permis l'identification de DAXX, une protéine d'échafaudage nucléaire, comme facteur réprimant la réplication du SARS-CoV-2 in vitro. L'extinction de l'expression de cette protéine conduit à une augmentation de la réplication du virus, alors que sa surexpression inhibe encore davantage le SARS-CoV-2. Cette activité est de plus indépendante de la voie de SUMOylation. L'infection par SARS-CoV-2 provoque la relocalisation de DAXX dans le cytoplasme, ainsi que sa dégradation. Ces résultats ont donc permis l'identification de DAXX comme un nouveau facteur de restriction du SARS-CoV-2. Cependant, le SARS-CoV-2 s'est adapté afin de pouvoir antagoniser l'activité de DAXX et ainsi, échapper à l'action de cette protéine.