Escherichia coli entérohémorragique (EHEC), Shiga toxine, Ps88, Virulence extra-intestinale, Hétéropathotype, St301, Antibiorésistance

L'épidémiologie des Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) responsables de Syndrome Hémolytique et Urémique (SHU), s'est considérablement modifiée ces dernières années. Un clone atypique de sérotype O80:H2 (Sequence-type ST301) responsable de SHU et d'infections invasives a récemment émergé en Europe. Ce clone possède à la fois des facteurs de virulence (FVs) typiques des EHEC (intimine - eae-xi, Shiga toxine - stx, entérohémolysine - ehxA), des FVs caractéristiques des E. coli pathogènes extra-intestinaux (ExPEC) et une multirésistance aux antibiotiques (ATB). L'objectif de ce travail est de caractériser sur le plan moléculaire et phénotypique cet hétéropathotype afin de comprendre son émergence et de contribuer à l'amélioration du diagnostic, du traitement et de la prévention des infections liées à ce pathogène. Le clone EHEC O80:H2 a acquis un plasmide mosaïque (pR444_A) hautement similaire au plasmide pS88, un déterminant majeur de la virulence des ExPEC, porteur de multiples FVs extra-intestinaux et au sein duquel une cassette de résistance aux ATB s'est insérée. Ce profil d'hétéropathotype ExPEC/EHEC n'est pas restreint à ce seul sérotype puisque au moins 3 autres sérotypes (O55:H9, O45:H2 et O186:H2) porteurs d'un plasmide similaire ont été identifiés au sein du ST301. Une particularité métabolique associée à une cicatrice génétique hautement spécifique du ST301, a été exploitée pour développer une PCR en temps réel (Se=100%, Sp=98,4%) et un milieu de culture (Se=85%, Sp=85%) sélectifs de ces clones. En cas d'infections invasives imposant une antibiothérapie, la production comparée de Stx en présence de différents ATB conduit à recommander l'association d'une béta-lactamine à un inhibiteur de la synthèse protéique. Au travers d'une caractérisation étendue incluant des analyses phénotypiques, génotypiques, phylogénétiques, moléculaires et métaboliques, ce travail participe à l'amélioration de la connaissance des hétéropathotypes ExPEC/EHEC de ST301 et de la prise en charge des infections liées à ces clones. L'importante capacité de ces clones à acquérir du matériel génétique étranger souligne leur extrême plasticité génomique dont les facteurs génétiques sous-jacents restent à découvrir. L'application de ces deux nouvelles méthodes diagnostiques dans l'industrie agro-alimentaire pourrait participer à l'identification du réservoir du clone O80:H2 inconnu jusqu'alors et ainsi contribuer à la prévention de ces infections.