Structure et interactions des protéines accessoires lentivirales de primate, Vpr, Vpx et p6 en présence de micelles de DPC
Structures and interactions of primate lentiviral accessory proteins Vpr, Vpx and p6 in the presence of DPC micelles
par Xiao WANG sous la direction de Serge BOUAZIZ et de Sylvie NONIN-LECOMTE
Thèse de doctorat en Biologie structurale
ED 563 Médicament, Toxicologie, Chimie, Imageries

Soutenue le mardi 21 septembre 2021 à Université Paris Cité

Sujets
  • Lentivirus
  • Micelles
  • Protéines virales
  • VIH (virus)
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Mots clés
Vpr, Vpx, P6, Incorporation, Structure, Interaction, Dpc
Resumé
Les protéines accessoires lentivirales de primate Vpr et Vpx sont spécifiquement incorporées dans les virions par interaction directe avec p6, domaine C-Terminal du précurseur Pr55Gag (p6gag). Les fonctions identifiées de p6gag s'effectuent généralement à proximité de la membrane plasmique. Cependant, la structure de p6 dans des conditions mimant l'environnement membranaire n'a jamais été caractérisée et le mécanisme de reconnaissance de Vpr et Vpx par p6gag reste incompris également. Dans cette étude, nous avons caractérisé, par RMN, les structures 3D de HIV-1 et SIVmac p6 en présence de micelles de DPC et fourni des détails structuraux sur le mode de reconnaissance de Vpr et Vpx par p6. Par rapport aux structures de p6 obtenues précédemment en solution aqueuse de trifluoroéthanol, nos résultats révèlent l'existence d'une hélice courte helice supplémentaire (résidus 24-27) dans HIV-1 p6. En utilisant des expériences de perturbations de déplacement chimique, nous avons montré que Vpr et Vpx interagissent avec p6. HIV-1 Vpr deux possede deux régions : (1) contenant I74, G75, C76, R77, I81, G82, I84 et Q85, et (2) comportant les résidus V31, I37, S41, L42, Y50, D52, I63 et Q66, Ces deux motifs interagissent avec les deux motifs de HIV-1 p6, 15FXFG18 et 41LXXLF45. De même, les régions I comportant V29, E43 et W49, et la région II, contenant R7, L25, M62, Q76 et F80 dans SIVmac Vpx ciblent principalement les résidus de SIVmac p6 K36 et R38, ainsi que le motif 17DXAXXLL23. Une faible interaction croisée a également été identifiée entre SIVmac Vpx et HIV-1 p6. Notre étude fournit ainsi un aperçu au niveau atomique de l'interaction permettant l'incorporation de Vpr et Vpx dans les virions par l'intermediaire de p6.