LiP-Chip : a quick and affordable method for assaying protein thermal stability
LiP-Chip ¿ a quick and affordable method for assaying protein thermal stability
par Judith VILLAIN sous la direction de Olivier RIVOIRE et de Kimberly REYNOLDS
Thèse de doctorat en Biologie moléculaire et structurale et biochimie biophysique moléculaire
ED 474 Frontières de l'Innovation en Recherche et Education

Soutenue le jeudi 01 octobre 2020 à Université Paris Cité

Sujets
  • Microfluidique
  • Protéines -- Dénaturation (chimie)
  • Protéolyse

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Mots clés
Stabilité des protéines, Protéolyse limitée, Lab-On-A-Chip, Puces protéiques microfluidiques
Resumé
Comprendre quantitativement les protéines est essentiel à leur ingénierie et à leurs applications. Cependant, l'étude de la stabilité des protéines repose sur des méthodes souvent coûteuses et longues. Nous proposons une nouvelle technique pour estimer la stabilité thermique des protéines: LiP-Chip. LiP-Chip combine l'approche de la protéolyse limitée (LiP) à différentes températures avec la quantification sur des gels d'électrophorèse de protéines miniaturisés sur puce (Chip). L'étape LiP ne nécessite que des équipements de laboratoire standard et peut facilement être multiplexée et automatisée. Comme preuve de principe de l'intérêt de combiner LiP avec de telles « puces protéiques », nous avons utilisé les puces P80 et le Bioanalyseur 2100 d'Agilent. La technique de LiP-Chip pourrait être encore améliorée grâce au développement de dispositifs microfluidiques adaptés. Nous montrons que LiP-Chip peut être appliquée à des quantités de protéines inférieures à celles utilisées typiquement par la calorimétrie et le dichroïsme circulaire. Plus important encore, la séparation de taille des échantillons sur puce permet l'utilisation d'échantillons de protéines purifiées simplement via une étiquette poly-histidine sans étape de purification supplémentaire sur les colonnes de chromatographie. LiP-Chip peut ainsi fournir une estimation rapide, abordable et facile à utiliser de la stabilité thermique des protéines.