Identification d'une déficience humaine en SEC14L2 révélant son rôle dans le système immunitaire
Identification of a human deficiency in SEC14L2 revealing its role in the immune system
par Debora JORGE CORDEIRO sous la direction de Claire SOUDAIS
Thèse de doctorat en Immunologie
ED 562 Bio Sorbonne Paris Cité

Soutenue le vendredi 02 octobre 2020 à Université Paris Cité

Sujets
  • Déficit immunitaire
  • Digènes
  • Phosphatidylinositol 3-kinases
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Mots clés
Déficit immunitaire primaire, APDS1, Digénique, SEC14L2
Resumé
L'étude des déficits immunitaires primaires (DIPs) représentent des modèles uniques in vivo et fournissent de nouvelles perspectives dans la compréhension de l'immunité. La découverte de nouveaux DIPs a grandement été facilité par la large diffusion et la facilité d'accès des plateformes de séquençage nouvelle génération. Et par conséquent a aussi révélé la complexité génétique de certains phénotypes de déficits immunitaires qui peuvent résulter d'altérations génétiques multiples. Ces dernières années, la description de DIPs digéniques ou oligogéniques a émergé, bien qu'il reste difficile de formellement démontrer la contribution indépendante ou synergique de chaque évènement dans le phénotype multifactoriel de la maladie. L'APDS1 (activated phosphoinositide 3-kinase delta syndrome 1) est un déficit immunitaire rare résultant de mutations hétérozygotes gain de fonction dans le gène PIK3CD (E1021K étant la plus commune). De large cohortes de patients APDS1 ont été étudiées montrant un spectre large de manifestations cliniques. La sévérité des phénotypes cliniques est très variable incluant des individus asymptomatiques. Ainsi, l'hétérogénéité de cette maladie suggèrerait l'existence d'évènements génétique et/ou environnemental additionnels. Nous avons identifié, par séquençage de l'exome, chez un patient issu d¿une large famille consanguine une mutation de novo E1021K dans PIK3CD associée à une mutation homozygote perte de fonction dans SEC14L2. SEC14L2 est une protéine ubiquitaire avec une expression forte dans le foie. SEC14L2 se lie à l'alpha-tocopherol, une isoforme de la vitamine E, et à différents phospholipides incluant les phosphatidylinositols et est impliqué dans le transport de ces métabolites entre différents sites membranaires intracellulaires. SEC14L2 est également impliqué dans différentes voies de signalisation : les voies Wnt/Ca2+, ERK and PI3K. Le phénotype de notre patient apparaît parmi les phénotypes les plus sévères associés à un APDS1. Notamment, le patient a développé une infection invasive pulmonaire fongique à fusarium. Concernant les paramètres immunologiques de notre patient, le patient présente des défauts TH1, TH17 et des cellules dendritiques (DCs). Ces phénotypes cliniques et immunologiques particuliers n'ont pour l'instant jamais été rapportés chez des patients APDS1. Les études fonctionnelles ont aussi révélé des différences comparées aux patients APDS1. En effet, les cellules T de notre patient présentent des anomalies dans la signalisation TCR non retrouvées chez les patients APDS1 : une diminution de la phosphorylation tyrosine et une diminution de la voie MAPK/ERK. Ce phénotype a été reproduit dans des lignées cellulaires T de Jurkat avec une expression diminuée de SEC14L2, obtenues par la technologie CRISPR-Cas9. La phosphorylation ERK et tyrosine est retrouvée diminuée en réponse à la stimulation anti-CD3, alors que le flux calcique est normal, reproduisant ainsi le phénotype observé dans les cellules T du patient. Nos résultats indiquent que SEC14L2 dans les cellules T participe à l'activation de la voie MAPK/ERK et la phosphorylation des tyrosines médiées par le TCR. Ce rôle peut expliquer le phénotype TH1 et TH17 diminué chez ce patient, jamais décrit chez des patients APDS1. De plus, notre patient est caractérisé par une forte diminution des DCs dans le sang et les ganglions, ainsi qu'un défaut de différenciation des monocytes en DCs, aussi jamais observé chez un patient APDS1. Ces dernières observations suggèrent un rôle clé de SEC14L2 dans la différenciation des DCs. Ce défaut de la voie MAPK/ERK peut être considéré comme l'explication pivot de la sévérité des manifestations cliniques et immunologiques de ce patient. Nos résultats apportent la première démonstration de l'existence de facteurs génétiques additionnels qui participent à l'hétérogénéité clinique des APDS1. Ces résultats mettent en évidence aussi pour la première fois le rôle de SEC14L2 dans le système immunitaire.